From:	"Jason Roberts" <>
To:	<>
Cc:	<>
Subject:	RE: [mget-help] error in making prediction output
Date:	Sat, 19 Sep 2009 14:43:11 -0400

Dear Riko,

We're sorry you're seeing that error. The message comes from an R package
called rgdal that MGET is using to read the predictor rasters. rgdal is
complaining that an attempt was made to assign a geographic coordinate
system to a raster that has a projected coordinate system. It is not
immediately obvious why it would issue this complaint.

My first guess is that it is a bug in MGET. MGET checks the predictor
rasters and projects and clips them as needed so that they all have the same
coordinate system, extent, and cell size. This code is very complicated and
has been revised several times, including in MGET 0.7b1 and 0.7b2. Perhaps a
problem still lurks in that code. If this is indeed the problem, you may be
able to circumvent it by manually projecting and clipping your predictor
rasters as needed so they have the exact same coordinate system, extent, and
cell size before calling the MGET prediction tool.

It may also be a bug in rgdal. But I am reluctant to suggest that without
further investigation.

If it would not be too much trouble, could you please reproduce this problem
again with verbose logging enabled and send me the output? To do this:

1. Follow the instructions under "Enabling Verbose Logging" here
http://code.env.duke.edu/projects/mget/wiki/Configuring%20MGET%20logging

2. Reproduce the error. There will be a LOT of output in the ArcGIS window.

3. Copy the entire output to an email or text file and send it to me.

When you are done, you may want to disable verbose logging (there are
instructions on that page) to restore the amount of output to a reasonable
level.

Finally, I have one question. You said you installed your current version of
MGET to "deal with an error pytime in sample raster". Are you referring to
the problem described here
http://code.env.duke.edu/projects/mget/ticket/376? I want to be sure you
have not hit a new problem.

With best regards,

Jason


-----Original Message-----
From: 

 
[mailto:]
 
Sent: Saturday, September 19, 2009 1:14 PM
To: 

Subject: [mget-help] error in making prediction output

Dear Sir/Madam
I fitted GLM model fine using my species presence/absence table. 
In "Predict GLM from Rasters", I received this error. And if you can tell me
what the problem is, it would be great. 
I am using MGET ver GeoEco-0.7b2.win32-py2.4.
I installed this version to deal with an error pytime in sample raster
function. 
Thank you very much.
Riko 
------------------------------------------------------------------------
RPy_RException: Error in validityMethod(as(object, superClass)) : 
  Geographical CRS given to non-conformant data
Obtaining additional debugging information. This may cause this tool to
hang.
If you do not see any additional messages after one minute, halt its
execution.
Error in script GLMPredictFromArcGISRasters.
Error in executing: cmd.exe /C
C:\PROGRA~1\GeoEco\ARCGIS~1\Scripts\GLMPRE~1.PY 
"H:\MGET_models\pigmy_test" "roads_dist;corine15;annu_rain"
"road_dist;corine;annu_rain" "H:\MGET_models\PigmyTest" "annu_rain" "#"
"true"
"#" "#" "#" "false"

Failed to execute (GLMPredictFromArcGISRasters_24).
------------------------------------------------------------------------

< date >
< thread >

Archives powered by MHonArc.